Докато България отбеляза с военни и църковни почести завръщането на тленните останки на цар Самуил, в Северна Македония реакцията беше съпроводена с критики и исторически резерви. Според част от местните експерти идентичността на мощите е спорна, а процесът е по-скоро политически, отколкото исторически доказан. Историкът проф. д-р Александър Атанасовски твърди, че останките, предадени от Гърция на България, не са на цар Самуил.
Спорове около доказателствата
Основният аргумент на критиците е липсата на съвременно ДНК изследване, което да потвърди, че костите принадлежат на средновековния владетел. Както отбелязва sitel.com.mk, българската теза стъпва основно върху археологическата хипотеза на гръцкия учен Николаос Муцопулос от 60-те години на миналия век. Липсата на съдебномедицинска експертиза оставя поле за различни интерпретации и съмнения.
В интервю за Българското национално радио проф. Атанасовски отхвърли твърденията. По думите му Самуил никога не е стъпвал в България. Той посочи, че владетелят е роден, управлявал, починал и погребан в района на днешна Северна Македония, конкретно в Преспа.
Историкът посочва и технически несъответствия, сред които начина на погребение с тухли в „П“-образна форма, който според него не е типичен за българските територии. Той изказва и предположение, че истинските останки може да са били пренесени в София още през 1943 г., по време на Втората световна война.
Особено внимание Атанасовски обръща на надписа „Цар на българите“, поставен върху новия саркофаг в църквата „Света София“. Според него в нито един исторически документ Самуил не е наричан „цар“. Той го определя като „раб божи“ и твърди, че Самуиловото царство е било конгломерат от местни князе, обединени срещу Византия, позовавайки се на хрониките на Йоан Скилица.
По отношение на символиката Атанасовски посочва използването на 16-лъчевото слънце и лъва, които според него са древни символи на Македония, а не на България.
Докато София представя събитието като част от националния си наратив, в Скопие то се разглежда като опит за присвояване на исторически аргументи чрез съвременни политически инструменти. За Северна Македония въпросът за цар Самуил остава чувствителен и показва как средновековната история продължава да бъде поле на балкански дипломатически и политически спорове.


